药物是通过与身体里的靶点结合发挥作用。药物靶点是指体内具有药效功能并能被药物作用的生物大分子。包括受体、酶、离子、通道、核酸等生物大分子[1]，以上提到的几种靶点可以概括为蛋白质和核酸，我目前看到的研究都是针对蛋白质靶点的。以受体为例，可以与受体特异性结合的物质称为配体(ligand)，当药物的靶点是受体时，那么药物就是配体。药物与配体的不同结合方式，决定了药物的类型，当药物与受体结合并产生效应的时候，可以称药物为激动药（agonist），当药物与受体结合但并不产生效应的时候，成为拮抗药（antagonist），因为它阻断了受体与体内其它配体结合[2]。
图1药物和受体结合[2]
提到药物研发，先要看一下新药的定义，新药是指化学结构、药品组分和药理作用不同于现有药品的药物。根据以及，新药系指未曾在中国境内上市销售的药品。已上市药品改变剂型、改变给药途径、增加新适应症的药品，亦属于新药范畴[1]。
从定义可以先把药物研发分为两种，一种是寻找新的有效的化合物，另一种是为已有的药物寻找新的可作用疾病。基于此产生出深度学习可以在其中发挥的作用。在生成新化合物中，需要获取新化合物的属性，因此可以利用深度学习进行分子的属性预测（drugpropertiesprediction）。利用预测网络结合生成网络可以实现新化合物的生成（moleculargeneration）。在为已有药物寻找新的靶点时，需要判断药物是否可以作用于靶点，即drug-targetinteraction（DTI）。
所有这些应用深度学习的任务都属于基于相似性的药物研发，他们都是以一个假设为前提，就是具有相似化学结构的配体也具有相似的生物活性（有关该前提的研究我认为也是值得
